流感疫苗是一種相當安全的不活化疫苗，接種後少部分的人可能發生注射部位疼痛、紅腫，發燒、倦怠的輕微反應，一般均於接種後一、二天內恢復，嚴重的副作用極少發生。接種流感疫苗後48小時內約有1-2%可能有發燒反應，就醫時應提供醫師接種紀錄，以為診斷之參考；至於接種48小時後及期間發生的發燒症狀，應確認是否另有感染或其他發燒原因，也不能因此排除感染流感的可能。另外民眾或醫師如遇疑似接種後特殊反應，應立即就醫並通報當地衛生單位，衛生署疾病管制署將會協調相關機關，同時邀集專家，協助儘速釐清病因。